Сва јаја су, у основи, бела. Међутим, она која остану бела таква су јер немају пигмент.
Браон јаја су добила боју у утерусу кокошке, а боју су добиле захваљујући хемоглобину кокошке. Да ли је ће јаје постати браон зависи од генетике кокошке. Међутим, и многи други фактори могу да „офарбају“ љуску јаја. Рецимо, ако јаје има тачкице значи да је споро пролазило кроз тракт кокошке.
И сама кокошка може да офарба или промени величину јаја, па тако нека јаја могу бити блеђа или мања у односу на друга. Стручњаци кажу да нека јаја могу да буду „наборана“, јер га је кокошка из два-три покушака.
Плава и зелена јаја. Ауксини (пигмент и џигерици) се таложи у калцијуму љуске јајета. Тако боја коју даје постаје део јајета и не може да се оепре!
Бела и плава су једине две праве боје јајета. Браон и зелена могу да добију пигментом оним што кокошка једе, али и пореклом кокошке.
Наиме, неке кокошке имају ретровирус у ДНК који изазива плаве љуске јаја! Недавне студије су показале да је овај ретровирус апсолутно потпуно безопасан.
Постоји осам „раса“ кокошака које легу плава јаја, а најпозантија је араукана (Araucana). Ова лепа кокица има занимљиво перје око главе, окренуто наопако делује као да има уши. Она даје 200 јаја годишње. Пореклом је из Чилеа и добила је име по истоименом племену. Ово је ретка врста кокошака и тешко се проналази у Европи, а прилично је и скупа. Наиме, ове коке носе посебан ген који убија 25% пилића и пре него што се излегу. Уколико и кокошка и петао носе овај ген – пиле се неће излећи. Због тога су веома скупи за узгој.
Зелена јаја
Егер (Easter Egger) кокице носе зелена, односно јаја боје маслине. Зелена љуска може да се добије и ако кокошка једе много зелениша, а не само зрневље.